R/oem.R
sampling.oem.RdThis observation error model (OEM) function mimics the most common data collection regime, in which catch-at-age and biology is sampled from the population, and one or more indices of abundance are derived from surveys or CPUE data.
sampling.oem(stk, deviances, observations, args, tracking)An FLStock object as obtained by the call to stock(om).
A named list of deviances, see Details.
A named list of observations, see Details.
Options and arguments passed on by mp().
The tracking object.
A named list with elements stk, idx, observations and tracking.
The FLStock object passed to sampling.oem by the mp function is simplified to match the dimensions of that present in the observations slot.
data(sol274)
#> Warning: namespace ‘DBI’ is not available and has been replaced
#> by .GlobalEnv when processing object ‘om’
# Generate samples from year 2000:2016
sampling.oem(stock(om), deviances=deviances(oem),
observations=observations(oem),
args=list(y0=2000, dy=2021, frq=1), tracking=FLQuant())
#> $stk
#> An object of class "FLStock"
#>
#> Name: Sole in North Sea
#> Description: Imported from a VPA file. ( bootstrap/data/index.txt ). Fri Apr 30 15:37: [...]
#> Quant: age
#> Dims: age year unit season area iter
#> 10 22 1 1 1 100
#>
#> Range: min max pgroup minyear maxyear minfbar maxfbar
#> 1 10 10 2000 2021 2 6
#>
#> Metrics:
#> rec: 43281 - 305132 (thousands)
#> ssb: 18001 - 44360 (tonnes)
#> catch: 10490 - 22639 (tonnes)
#> fbar: 0.22 - 0.63 (f)
#>
#> $idx
#> An object of class "FLIndices"
#> [[1]]
#> An object of class "FLIndex"
#>
#> Name:
#> Description:
#> Type :
#> Distribution :
#> Quant: age
#> Dims: age year unit season area iter
#> 10 37 1 1 1 100
#>
#> Range: min max pgroup minyear maxyear startf endf
#> 1 10 10 1985 2021 0.66 0.75
#>
#>
#> [[2]]
#> An object of class "FLIndex"
#>
#> Name: SNS
#> Description: Sole Net Survey - 2020
#> Type :
#> Distribution :
#> Quant: age
#> Dims: age year unit season area iter
#> 6 52 1 1 1 100
#>
#> Range: min max pgroup minyear maxyear startf endf
#> 1 6 1 1970 2021 0.66 0.75
#>
#>
#> Slot "names":
#> [1] "BTS" "SNS"
#>
#> Slot "desc":
#> character(0)
#>
#> Slot "lock":
#> [1] FALSE
#>
#>
#> $observations
#> $observations$stk
#> An object of class "FLStock"
#>
#> Name: Sole in North Sea
#> Description: Imported from a VPA file. ( bootstrap/data/index.txt ). Fri Apr 30 15:37: [...]
#> Quant: age
#> Dims: age year unit season area iter
#> 10 86 1 1 1 100
#>
#> Range: min max pgroup minyear maxyear minfbar maxfbar
#> 1 10 10 1957 2042 2 6
#>
#> Metrics:
#> rec: NA - NA (thousands)
#> ssb: NA - NA (tonnes)
#> catch: NA - NA (tonnes)
#> fbar: 0.21 - 0.69 (f)
#>
#> $observations$idx
#> An object of class "FLIndices"
#> [[1]]
#> An object of class "FLIndex"
#>
#> Name:
#> Description:
#> Type :
#> Distribution :
#> Quant: age
#> Dims: age year unit season area iter
#> 10 58 1 1 1 100
#>
#> Range: min max pgroup minyear maxyear startf endf
#> 1 10 10 1985 2042 0.66 0.75
#>
#>
#> [[2]]
#> An object of class "FLIndex"
#>
#> Name: SNS
#> Description: Sole Net Survey - 2020
#> Type :
#> Distribution :
#> Quant: age
#> Dims: age year unit season area iter
#> 6 73 1 1 1 100
#>
#> Range: min max pgroup minyear maxyear startf endf
#> 1 6 1 1970 2042 0.66 0.75
#>
#>
#> Slot "names":
#> [1] "BTS" "SNS"
#>
#> Slot "desc":
#> character(0)
#>
#> Slot "lock":
#> [1] FALSE
#>
#>
#> $observations$len
#> An object of class "FLQuant"
#> iters: 100
#>
#> , , unit = unique, season = all, area = unique
#>
#> year
#> len 1957 1958 1959 1960 1961 1962
#> 0 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 1 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 2 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 3 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 4 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 5 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 6 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 7 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 8 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 9 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 10 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 11 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 12 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 13 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 14 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 15 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 16 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 17 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 18 0.0(0.000) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 0.0(0.000)
#> 19 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.5(0.741) 1.0(1.483) 1.0(1.483)
#> 20 2.0(1.483) 1.5(0.741) 2.0(1.483) 2.0(1.483) 2.0(1.483) 1.0(1.483)
#> 21 2.0(1.483) 3.0(1.483) 3.0(1.483) 4.0(1.483) 3.0(1.483) 2.0(1.483)
#> 22 4.0(1.483) 4.0(1.483) 4.0(1.483) 6.0(2.965) 5.0(1.483) 3.0(1.483)
#> 23 6.0(2.965) 6.0(2.965) 6.0(2.965) 7.0(2.965) 6.5(2.224) 4.0(1.483)
#> 24 7.0(2.965) 8.0(2.965) 8.5(2.224) 11.0(2.965) 9.0(2.965) 6.0(2.965)
#> 25 9.0(2.965) 9.0(2.965) 11.0(2.965) 13.0(2.965) 12.0(2.965) 8.0(2.965)
#> 26 12.0(2.965) 12.0(2.965) 13.0(2.965) 14.0(3.706) 15.0(4.448) 11.0(2.965)
#> 27 14.0(4.448) 13.0(2.965) 15.5(3.706) 18.0(4.448) 18.0(4.448) 14.0(4.448)
#> 28 16.0(2.965) 16.0(4.448) 18.0(4.448) 18.0(4.448) 21.0(4.448) 16.0(4.448)
#> 29 18.0(2.965) 18.0(2.965) 19.0(4.448) 19.0(5.930) 23.0(4.448) 18.0(4.448)
#> 30 20.0(3.706) 19.0(4.448) 21.0(5.189) 20.0(4.448) 23.0(2.965) 21.5(3.706)
#> 31 21.0(4.448) 20.0(4.448) 21.0(2.965) 20.0(4.448) 23.0(4.448) 22.0(4.448)
#> 32 21.0(4.448) 20.0(4.448) 21.0(4.448) 21.0(4.448) 21.0(4.448) 23.0(4.448)
#> 33 19.5(5.189) 20.0(4.448) 19.0(4.448) 18.0(4.448) 19.5(4.448) 22.0(5.930)
#> 34 19.0(4.448) 20.0(4.448) 19.0(4.448) 17.0(4.448) 18.0(2.965) 21.0(4.448)
#> 35 18.0(4.448) 18.0(4.448) 17.0(4.448) 14.0(2.965) 16.0(2.965) 19.0(4.448)
#> 36 14.0(2.965) 16.0(2.965) 15.0(4.448) 13.0(3.706) 13.0(2.965) 18.0(4.448)
#> 37 14.0(4.448) 14.0(2.965) 13.0(2.965) 12.0(2.965) 11.0(2.965) 15.0(2.965)
#> 38 12.0(3.706) 12.0(2.965) 10.0(2.965) 10.0(4.448) 9.0(2.965) 12.0(2.965)
#> 39 11.0(2.965) 10.0(2.965) 9.0(2.965) 8.0(2.965) 7.0(2.965) 10.0(2.965)
#> 40 9.0(2.965) 8.5(2.224) 7.0(2.224) 6.0(2.965) 5.0(2.224) 7.0(1.483)
#> 41 7.0(2.965) 7.0(2.965) 6.0(2.965) 6.0(1.483) 4.0(2.965) 6.0(2.965)
#> 42 5.0(1.483) 5.0(2.965) 4.0(2.965) 4.0(2.965) 3.0(1.483) 4.0(2.965)
#> 43 4.0(1.483) 4.0(1.483) 3.0(1.483) 3.0(1.483) 2.0(1.483) 3.0(1.483)
#> 44 3.0(1.483) 3.0(1.483) 2.0(1.483) 2.0(1.483) 2.0(1.483) 2.0(1.483)
#> 45 2.0(1.483) 2.0(1.483) 2.0(1.483) 2.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483)
#> 46 2.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483)
#> 47 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 0.5(0.741) 1.0(1.483)
#> 48 2.0(1.483) 2.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483)
#> year
#> len 1963 1964 1965 1966 1967 1968
#> 0 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 1 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 2 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 3 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 4 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 5 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 6 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 7 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 8 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 9 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 10 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 11 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 12 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 13 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 14 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 15 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 16 0.0(0.000) 0.0(0.000) 1.0(1.483) 0.0(0.000) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 17 0.0(0.000) 0.0(0.000) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 0.0(0.000) 0.0(0.000)
#> 18 0.0(0.000) 0.0(0.000) 2.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483) 1.0(1.483)
#> 19 0.0(0.000) 0.0(0.000) 4.0(1.483) 2.0(1.483) 1.0(1.483) 2.0(1.483)
#> 20 1.0(1.483) 1.0(1.483) 6.0(2.965) 3.0(1.483) 2.0(1.483) 2.0(1.483)
#> 21 1.0(1.483) 1.0(1.483) 9.0(2.965) 5.0(2.965) 3.0(1.483) 4.0(2.224)
#> 22 2.0(1.483) 2.0(1.483) 12.0(2.965) 8.0(2.965) 5.0(2.965) 5.0(2.965)
#> 23 3.0(1.483) 3.0(1.483) 15.0(3.706) 10.0(2.965) 7.0(2.965) 8.0(1.483)
#> 24 5.0(1.483) 4.0(1.483) 17.0(4.448) 13.0(2.965) 10.0(2.965) 9.5(3.706)
#> 25 7.0(2.965) 5.0(1.483) 20.0(2.965) 17.0(4.448) 13.0(2.965) 12.0(4.448)
#> 26 9.0(2.965) 8.0(2.224) 21.0(4.448) 20.0(4.448) 15.0(3.706) 15.0(2.965)
#> 27 11.0(2.965) 9.0(2.965) 21.0(2.965) 22.0(2.965) 18.0(4.448) 16.0(4.448)
#> 28 14.0(2.965) 11.0(3.706) 20.0(4.448) 24.5(5.189) 20.0(4.448) 17.0(4.448)
#> 29 16.0(3.706) 14.0(4.448) 19.0(4.448) 26.0(4.448) 22.0(4.448) 19.0(4.448)
#> 30 18.5(5.189) 16.0(4.448) 18.0(2.965) 24.0(4.448) 24.0(5.930) 19.0(4.448)
#> 31 20.0(4.448) 18.0(4.448) 15.0(4.448) 23.0(5.930) 23.0(4.448) 20.0(4.448)
#> 32 21.0(4.448) 19.0(4.448) 13.0(3.706) 21.0(4.448) 22.5(3.706) 21.0(4.448)
#> 33 21.0(4.448) 22.0(4.448) 11.0(2.965) 18.0(4.448) 21.0(4.448) 19.0(4.448)
#> 34 21.0(2.965) 22.0(4.448) 10.0(2.965) 14.0(2.965) 18.0(3.706) 19.0(4.448)
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