Computes fishing mortality from abundances, catches and natural mortality
Source:R/FLStock.R
computeHarvest-FLStock-missing-method.RdObjects or class 'FLStock' already contain a 'harvest' slot to store estimates of fishing mortality at age, for example those obtained from a stock assessment method. Fishing mortality at age can be recalculated using two methods:
Usage
# S4 method for class 'FLStock,missing'
computeHarvest(object, units = NULL)Examples
data(ple4)
# Compute 'f' from stock.n and Baranov
computeHarvest(ple4)
#> An x of class "FLQuant"
#> , , unit = unique, season = all, area = unique
#>
#> year
#> age 1957 1958 1959 1960 1961 1962 1963 1964 1965 1966
#> 1 0.0987 0.1137 0.1278 0.1371 0.1356 0.1190 0.0937 0.0746 0.0682 0.0746
#> 2 0.1709 0.2122 0.2489 0.2616 0.2549 0.2540 0.2699 0.2794 0.2585 0.2327
#> 3 0.2615 0.3101 0.3497 0.3591 0.3517 0.3689 0.4310 0.4890 0.4713 0.4111
#> 4 0.3088 0.3289 0.3446 0.3502 0.3507 0.3597 0.3833 0.4074 0.4140 0.4020
#> 5 0.2563 0.2923 0.3243 0.3412 0.3457 0.3534 0.3728 0.3929 0.3996 0.3931
#> 6 0.2109 0.2498 0.2867 0.3103 0.3230 0.3420 0.3757 0.4022 0.3951 0.3715
#> 7 0.2254 0.2261 0.2304 0.2420 0.2616 0.2874 0.3137 0.3261 0.3126 0.2920
#> 8 0.2277 0.2227 0.2186 0.2161 0.2186 0.2319 0.2566 0.2747 0.2661 0.2458
#> 9 0.1987 0.2328 0.2510 0.2315 0.1974 0.1891 0.2203 0.2615 0.2633 0.2355
#> 10 0.1987 0.2328 0.2510 0.2315 0.1974 0.1891 0.2203 0.2615 0.2633 0.2355
#> year
#> age 1967 1968 1969 1970 1971 1972 1973 1974 1975 1976
#> 1 0.0977 0.1416 0.1890 0.2037 0.1949 0.1916 0.2051 0.2370 0.2875 0.3435
#> 2 0.2383 0.2823 0.3281 0.3300 0.3126 0.3172 0.3477 0.3787 0.3912 0.3994
#> 3 0.3768 0.3817 0.3948 0.3924 0.3931 0.4246 0.4793 0.5083 0.4831 0.4509
#> 4 0.3795 0.3570 0.3454 0.3531 0.3837 0.4417 0.5116 0.5451 0.5161 0.4759
#> 5 0.3812 0.3695 0.3610 0.3596 0.3755 0.4220 0.4863 0.5167 0.4861 0.4521
#> 6 0.3645 0.3800 0.3921 0.3810 0.3703 0.3900 0.4329 0.4532 0.4280 0.4063
#> 7 0.2917 0.3167 0.3434 0.3486 0.3450 0.3541 0.3749 0.3867 0.3791 0.3711
#> 8 0.2404 0.2573 0.2832 0.3038 0.3195 0.3353 0.3509 0.3608 0.3615 0.3552
#> 9 0.2166 0.2197 0.2382 0.2666 0.3002 0.3321 0.3565 0.3693 0.3681 0.3529
#> 10 0.2166 0.2197 0.2382 0.2666 0.3002 0.3321 0.3565 0.3693 0.3681 0.3529
#> year
#> age 1977 1978 1979 1980 1981 1982 1983 1984 1985 1986
#> 1 0.3786 0.3713 0.3172 0.2506 0.2164 0.2298 0.2719 0.3091 0.3198 0.3063
#> 2 0.4216 0.4531 0.4753 0.4775 0.4645 0.4440 0.4281 0.4273 0.4416 0.4632
#> 3 0.4554 0.4986 0.5681 0.6410 0.6747 0.6391 0.5796 0.5470 0.5520 0.5864
#> 4 0.4699 0.4976 0.5422 0.5882 0.6208 0.6283 0.6193 0.6082 0.6050 0.6165
#> 5 0.4641 0.5069 0.5325 0.5214 0.5042 0.5071 0.5297 0.5665 0.6088 0.6430
#> 6 0.4319 0.4861 0.5110 0.4819 0.4386 0.4137 0.4187 0.4648 0.5452 0.6224
#> 7 0.3819 0.4074 0.4316 0.4396 0.4221 0.3827 0.3557 0.3727 0.4347 0.5124
#> 8 0.3463 0.3428 0.3541 0.3767 0.3861 0.3650 0.3379 0.3326 0.3562 0.4056
#> 9 0.3269 0.3031 0.2952 0.3059 0.3256 0.3431 0.3474 0.3300 0.3110 0.3267
#> 10 0.3269 0.3031 0.2952 0.3059 0.3256 0.3431 0.3474 0.3300 0.3110 0.3267
#> year
#> age 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996
#> 1 0.2783 0.2498 0.2302 0.2216 0.2243 0.2309 0.2224 0.1897 0.1541 0.1320
#> 2 0.4818 0.4831 0.4575 0.4274 0.4228 0.4427 0.4472 0.4112 0.3824 0.4105
#> 3 0.6369 0.6676 0.6431 0.5962 0.5799 0.6029 0.6240 0.6147 0.6249 0.7240
#> 4 0.6414 0.6580 0.6445 0.6149 0.5967 0.5989 0.6111 0.6259 0.6526 0.7050
#> 5 0.6607 0.6705 0.6827 0.6920 0.6859 0.6655 0.6481 0.6471 0.6609 0.6852
#> 6 0.6594 0.6704 0.6809 0.6970 0.7151 0.7275 0.7209 0.6912 0.6691 0.6869
#> 7 0.5672 0.5792 0.5458 0.5143 0.5423 0.6371 0.7131 0.6798 0.6149 0.6134
#> 8 0.4691 0.5016 0.4605 0.4093 0.4314 0.5450 0.6506 0.6157 0.5323 0.5164
#> 9 0.3935 0.4584 0.4400 0.3896 0.4008 0.4929 0.5737 0.5313 0.4504 0.4285
#> 10 0.3935 0.4584 0.4400 0.3896 0.4008 0.4929 0.5737 0.5313 0.4504 0.4285
#> year
#> age 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006
#> 1 0.1250 0.1319 0.1512 0.1711 0.1757 0.1744 0.1895 0.2230 0.2349 0.1959
#> 2 0.4752 0.4755 0.3816 0.3190 0.3578 0.4685 0.5248 0.4593 0.3817 0.3524
#> 3 0.8740 0.8688 0.6610 0.5175 0.5552 0.7004 0.7364 0.5908 0.4622 0.4267
#> 4 0.7675 0.7910 0.7496 0.6855 0.6363 0.5959 0.5457 0.4813 0.4116 0.3457
#> 5 0.7160 0.7489 0.7717 0.7554 0.6812 0.5827 0.4995 0.4341 0.3656 0.2900
#> 6 0.7292 0.7373 0.6863 0.6347 0.6275 0.6221 0.5475 0.4193 0.3132 0.2501
#> 7 0.6524 0.6207 0.4989 0.4201 0.4536 0.5337 0.4967 0.3432 0.2310 0.1885
#> 8 0.5480 0.5194 0.4063 0.3228 0.3188 0.3457 0.3157 0.2271 0.1562 0.1208
#> 9 0.4553 0.4576 0.3942 0.3084 0.2364 0.1856 0.1537 0.1304 0.1023 0.0697
#> 10 0.4553 0.4576 0.3942 0.3084 0.2364 0.1856 0.1537 0.1304 0.1023 0.0697
#> year
#> age 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016
#> 1 0.1570 0.1553 0.1757 0.1639 0.1129 0.0841 0.0981 0.1433 0.1622 0.1185
#> 2 0.3365 0.2944 0.2380 0.1979 0.1816 0.1816 0.1921 0.2040 0.2042 0.1892
#> 3 0.4146 0.3552 0.2763 0.2354 0.2414 0.2624 0.2640 0.2494 0.2401 0.2440
#> 4 0.2946 0.2640 0.2498 0.2441 0.2423 0.2425 0.2432 0.2430 0.2406 0.2359
#> 5 0.2289 0.1933 0.1791 0.1806 0.1927 0.2043 0.2033 0.1939 0.1878 0.1892
#> 6 0.2065 0.1663 0.1355 0.1242 0.1327 0.1462 0.1461 0.1366 0.1314 0.1357
#> 7 0.1712 0.1487 0.1206 0.0984 0.0857 0.0812 0.0839 0.0899 0.0925 0.0887
#> 8 0.1025 0.0889 0.0760 0.0636 0.0531 0.0478 0.0494 0.0544 0.0555 0.0498
#> 9 0.0466 0.0359 0.0326 0.0321 0.0322 0.0323 0.0321 0.0309 0.0283 0.0249
#> 10 0.0466 0.0359 0.0326 0.0321 0.0322 0.0323 0.0321 0.0309 0.0283 0.0249
#> year
#> age 2017
#> 1 0.0686
#> 2 0.1682
#> 3 0.2551
#> 4 0.2300
#> 5 0.1948
#> 6 0.1454
#> 7 0.0819
#> 8 0.0417
#> 9 0.0213
#> 10 0.0213
#>
#> units: f
# Recomputes all F at age by solving catch Baranov
recomputeHarvest(ple4)
#> An x of class "FLQuant"
#> , , unit = unique, season = all, area = unique
#>
#> year
#> age 1957 1958 1959 1960 1961 1962 1963 1964 1965 1966
#> 1 0.0987 0.1137 0.1278 0.1371 0.1356 0.1190 0.0937 0.0746 0.0682 0.0746
#> 2 0.1709 0.2122 0.2489 0.2616 0.2549 0.2540 0.2699 0.2794 0.2585 0.2327
#> 3 0.2615 0.3101 0.3497 0.3591 0.3517 0.3689 0.4310 0.4890 0.4713 0.4111
#> 4 0.3088 0.3289 0.3446 0.3503 0.3507 0.3597 0.3832 0.4074 0.4140 0.4019
#> 5 0.2563 0.2923 0.3243 0.3412 0.3457 0.3534 0.3728 0.3929 0.3996 0.3931
#> 6 0.2109 0.2498 0.2867 0.3103 0.3230 0.3420 0.3757 0.4022 0.3951 0.3714
#> 7 0.2254 0.2261 0.2304 0.2420 0.2616 0.2874 0.3137 0.3261 0.3126 0.2920
#> 8 0.2277 0.2227 0.2186 0.2161 0.2186 0.2319 0.2566 0.2748 0.2661 0.2458
#> 9 0.1987 0.2328 0.2510 0.2315 0.1974 0.1891 0.2203 0.2615 0.2633 0.2355
#> 10 0.1987 0.2328 0.2510 0.2315 0.1974 0.1891 0.2203 0.2615 0.2633 0.2355
#> year
#> age 1967 1968 1969 1970 1971 1972 1973 1974 1975 1976
#> 1 0.0977 0.1416 0.1890 0.2037 0.1949 0.1916 0.2051 0.2370 0.2875 0.3435
#> 2 0.2383 0.2823 0.3281 0.3300 0.3126 0.3172 0.3477 0.3787 0.3912 0.3994
#> 3 0.3768 0.3817 0.3948 0.3924 0.3931 0.4246 0.4793 0.5083 0.4831 0.4509
#> 4 0.3795 0.3570 0.3454 0.3531 0.3836 0.4417 0.5116 0.5451 0.5161 0.4759
#> 5 0.3812 0.3695 0.3610 0.3596 0.3755 0.4220 0.4863 0.5167 0.4861 0.4521
#> 6 0.3645 0.3800 0.3921 0.3810 0.3703 0.3900 0.4329 0.4532 0.4280 0.4063
#> 7 0.2917 0.3167 0.3434 0.3486 0.3450 0.3541 0.3749 0.3867 0.3791 0.3711
#> 8 0.2404 0.2573 0.2832 0.3038 0.3195 0.3353 0.3509 0.3609 0.3615 0.3552
#> 9 0.2166 0.2197 0.2382 0.2666 0.3002 0.3321 0.3565 0.3693 0.3681 0.3529
#> 10 0.2166 0.2197 0.2382 0.2666 0.3002 0.3321 0.3565 0.3693 0.3681 0.3529
#> year
#> age 1977 1978 1979 1980 1981 1982 1983 1984 1985 1986
#> 1 0.3786 0.3713 0.3172 0.2506 0.2164 0.2298 0.2719 0.3091 0.3199 0.3063
#> 2 0.4216 0.4531 0.4753 0.4775 0.4645 0.4440 0.4281 0.4273 0.4416 0.4632
#> 3 0.4554 0.4986 0.5681 0.6410 0.6747 0.6391 0.5796 0.5470 0.5520 0.5864
#> 4 0.4699 0.4976 0.5422 0.5882 0.6208 0.6283 0.6193 0.6082 0.6050 0.6164
#> 5 0.4641 0.5069 0.5325 0.5214 0.5042 0.5071 0.5297 0.5665 0.6088 0.6430
#> 6 0.4319 0.4861 0.5110 0.4819 0.4386 0.4137 0.4187 0.4648 0.5452 0.6223
#> 7 0.3819 0.4074 0.4316 0.4396 0.4221 0.3826 0.3557 0.3727 0.4347 0.5124
#> 8 0.3463 0.3428 0.3541 0.3767 0.3861 0.3650 0.3379 0.3326 0.3562 0.4056
#> 9 0.3269 0.3031 0.2952 0.3059 0.3256 0.3431 0.3474 0.3300 0.3110 0.3267
#> 10 0.3269 0.3031 0.2952 0.3059 0.3256 0.3431 0.3474 0.3300 0.3110 0.3267
#> year
#> age 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996
#> 1 0.2783 0.2498 0.2302 0.2216 0.2243 0.2309 0.2224 0.1897 0.1541 0.1320
#> 2 0.4818 0.4831 0.4575 0.4274 0.4228 0.4427 0.4472 0.4112 0.3824 0.4105
#> 3 0.6369 0.6676 0.6431 0.5962 0.5799 0.6028 0.6240 0.6147 0.6249 0.7241
#> 4 0.6414 0.6580 0.6445 0.6149 0.5967 0.5989 0.6111 0.6259 0.6527 0.7051
#> 5 0.6607 0.6706 0.6827 0.6920 0.6859 0.6655 0.6481 0.6470 0.6609 0.6852
#> 6 0.6594 0.6705 0.6809 0.6970 0.7151 0.7275 0.7209 0.6912 0.6691 0.6869
#> 7 0.5672 0.5792 0.5458 0.5143 0.5423 0.6371 0.7131 0.6798 0.6149 0.6134
#> 8 0.4691 0.5016 0.4605 0.4093 0.4314 0.5450 0.6506 0.6156 0.5323 0.5164
#> 9 0.3935 0.4584 0.4400 0.3896 0.4008 0.4929 0.5737 0.5313 0.4504 0.4285
#> 10 0.3935 0.4584 0.4400 0.3896 0.4008 0.4929 0.5737 0.5313 0.4504 0.4285
#> year
#> age 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006
#> 1 0.1250 0.1319 0.1512 0.1711 0.1757 0.1744 0.1895 0.2230 0.2349 0.1959
#> 2 0.4752 0.4756 0.3816 0.3190 0.3578 0.4685 0.5248 0.4593 0.3817 0.3525
#> 3 0.8740 0.8688 0.6610 0.5175 0.5552 0.7004 0.7364 0.5908 0.4622 0.4267
#> 4 0.7675 0.7909 0.7496 0.6855 0.6363 0.5959 0.5457 0.4813 0.4116 0.3457
#> 5 0.7160 0.7489 0.7717 0.7554 0.6812 0.5827 0.4995 0.4341 0.3656 0.2900
#> 6 0.7292 0.7374 0.6863 0.6347 0.6274 0.6221 0.5475 0.4193 0.3132 0.2501
#> 7 0.6524 0.6207 0.4989 0.4200 0.4536 0.5337 0.4967 0.3432 0.2310 0.1885
#> 8 0.5480 0.5194 0.4063 0.3228 0.3188 0.3457 0.3157 0.2271 0.1562 0.1208
#> 9 0.4553 0.4576 0.3942 0.3084 0.2364 0.1856 0.1537 0.1304 0.1023 0.0697
#> 10 0.4553 0.4576 0.3942 0.3084 0.2364 0.1856 0.1537 0.1304 0.1023 0.0697
#> year
#> age 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016
#> 1 0.1570 0.1553 0.1757 0.1639 0.1129 0.0841 0.0981 0.1433 0.1622 0.1185
#> 2 0.3365 0.2944 0.2380 0.1979 0.1816 0.1816 0.1921 0.2040 0.2042 0.1892
#> 3 0.4146 0.3552 0.2763 0.2354 0.2414 0.2624 0.2640 0.2494 0.2401 0.2440
#> 4 0.2946 0.2640 0.2498 0.2441 0.2423 0.2425 0.2432 0.2430 0.2406 0.2359
#> 5 0.2289 0.1932 0.1791 0.1806 0.1927 0.2043 0.2033 0.1939 0.1878 0.1892
#> 6 0.2065 0.1664 0.1355 0.1242 0.1327 0.1462 0.1461 0.1365 0.1314 0.1357
#> 7 0.1712 0.1487 0.1206 0.0984 0.0857 0.0812 0.0839 0.0899 0.0925 0.0887
#> 8 0.1025 0.0889 0.0760 0.0636 0.0531 0.0478 0.0494 0.0544 0.0555 0.0498
#> 9 0.0466 0.0359 0.0326 0.0321 0.0322 0.0323 0.0321 0.0309 0.0283 0.0249
#> 10 0.0466 0.0359 0.0326 0.0321 0.0322 0.0323 0.0321 0.0309 0.0283 0.0249
#> year
#> age 2017
#> 1 0.0686
#> 2 0.1682
#> 3 0.2551
#> 4 0.2300
#> 5 0.1948
#> 6 0.1454
#> 7 0.0819
#> 8 0.0417
#> 9 0.0213
#> 10 0.0213
#>
#> units: f