Compute the ratio of discards to total catch in numbers or weight
Source:R/FLStock.R
discardsRatio.RdA calculation is made of the proportion of discards over total catch at age, either as numbers (value = 'numbers') or weight (value = 'weight'), or for the total discards and catch in biomass (value = 'total').
Usage
discardsRatio(object, value = c("numbers", "weight", "total"))Examples
data(ple4)
# Discards ratio at age in numbers
discardsRatio(ple4)
#> An x of class "FLQuant"
#> , , unit = unique, season = all, area = unique
#>
#> year
#> age 1957 1958 1959 1960 1961 1962 1963 1964
#> 1 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00
#> 2 9.05e-01 9.07e-01 8.83e-01 9.66e-01 9.84e-01 9.89e-01 9.69e-01 9.12e-01
#> 3 1.22e-01 5.00e-01 5.99e-01 4.19e-01 7.24e-01 7.16e-01 8.56e-01 6.11e-01
#> 4 1.80e-02 3.75e-02 3.05e-01 1.91e-02 7.75e-03 2.52e-01 1.13e-01 3.42e-01
#> 5 2.65e-02 5.56e-02 1.01e-01 4.74e-02 4.63e-02 1.63e-02 3.67e-02 4.95e-02
#> 6 2.58e-03 3.13e-03 4.52e-03 1.85e-02 9.97e-03 9.27e-03 5.78e-03 8.58e-03
#> 7 4.08e-05 5.75e-05 3.53e-05 3.50e-05 3.35e-05 5.71e-05 3.82e-05 3.14e-05
#> 8 4.99e-05 5.88e-05 7.64e-05 5.51e-05 5.05e-05 5.72e-05 7.18e-05 7.52e-05
#> 9 9.05e-05 7.69e-05 7.42e-05 9.76e-05 8.21e-05 9.84e-05 6.96e-05 1.25e-04
#> 10 4.15e-05 3.58e-05 3.02e-05 3.28e-05 3.36e-05 4.04e-05 2.96e-05 2.94e-05
#> year
#> age 1965 1966 1967 1968 1969 1970 1971 1972
#> 1 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 9.99e-01 1.00e+00 9.68e-01
#> 2 9.77e-01 9.75e-01 9.56e-01 8.81e-01 8.09e-01 9.00e-01 7.60e-01 5.96e-01
#> 3 5.83e-01 8.41e-01 7.39e-01 5.25e-01 2.59e-01 3.58e-01 4.59e-01 3.46e-01
#> 4 5.98e-02 2.15e-01 5.70e-01 4.03e-01 3.36e-01 2.30e-02 7.18e-02 9.51e-02
#> 5 2.06e-02 3.62e-02 1.46e-02 1.50e-01 2.01e-02 1.13e-01 1.56e-02 2.34e-02
#> 6 8.75e-03 4.48e-03 1.14e-02 3.31e-03 1.84e-02 4.70e-03 3.43e-03 4.19e-03
#> 7 2.71e-05 2.98e-05 3.03e-05 4.70e-05 4.54e-05 6.51e-06 2.86e-05 3.38e-05
#> 8 5.81e-05 4.55e-05 6.12e-05 4.81e-05 7.76e-05 8.13e-05 1.63e-05 4.46e-05
#> 9 1.18e-04 7.59e-05 7.29e-05 1.24e-04 5.77e-05 1.23e-04 7.55e-05 2.62e-05
#> 10 2.83e-05 3.29e-05 4.39e-05 3.63e-05 2.94e-05 3.46e-05 2.86e-05 3.11e-05
#> year
#> age 1973 1974 1975 1976 1977 1978 1979 1980
#> 1 9.90e-01 9.89e-01 9.96e-01 9.85e-01 9.88e-01 9.95e-01 9.96e-01 9.96e-01
#> 2 5.99e-01 9.28e-01 9.04e-01 8.03e-01 6.45e-01 7.25e-01 7.88e-01 6.50e-01
#> 3 6.06e-02 5.96e-02 7.44e-01 4.72e-01 6.47e-01 3.12e-01 3.27e-01 6.80e-03
#> 4 8.70e-03 6.49e-03 1.26e-01 1.54e-01 3.37e-01 1.71e-01 2.73e-01 8.62e-03
#> 5 2.82e-02 1.42e-02 9.30e-03 1.22e-02 1.00e-01 2.51e-02 1.22e-02 7.52e-03
#> 6 4.63e-03 5.34e-03 5.46e-03 4.07e-03 1.39e-02 1.64e-02 7.73e-03 4.70e-03
#> 7 5.36e-05 6.02e-05 3.96e-05 5.35e-05 8.44e-05 8.73e-05 2.07e-05 3.57e-05
#> 8 4.83e-05 7.63e-05 7.94e-05 7.63e-05 9.94e-05 1.55e-04 1.20e-04 5.80e-05
#> 9 7.82e-05 8.66e-05 1.15e-04 1.65e-04 1.23e-04 2.14e-04 1.78e-04 2.63e-04
#> 10 1.98e-05 2.19e-05 2.39e-05 3.88e-05 5.43e-05 6.94e-05 5.39e-05 9.09e-05
#> year
#> age 1981 1982 1983 1984 1985 1986 1987 1988
#> 1 9.98e-01 9.92e-01 9.95e-01 1.00e+00 1.00e+00 9.99e-01 1.00e+00 1.00e+00
#> 2 6.52e-01 8.09e-01 7.85e-01 8.32e-01 7.59e-01 8.80e-01 9.42e-01 9.76e-01
#> 3 1.45e-02 2.13e-02 2.10e-01 1.58e-01 1.95e-01 2.26e-01 6.04e-01 6.44e-01
#> 4 6.23e-03 1.54e-02 2.18e-02 2.81e-01 1.09e-02 1.99e-01 1.17e-02 4.17e-01
#> 5 1.16e-02 7.36e-03 2.65e-02 3.47e-02 5.26e-03 1.41e-02 1.63e-02 1.45e-02
#> 6 4.33e-03 5.77e-03 5.56e-03 4.49e-03 4.57e-03 5.21e-03 5.54e-03 5.60e-03
#> 7 5.10e-05 6.49e-05 6.07e-05 7.31e-05 6.72e-05 5.08e-05 3.69e-05 2.58e-05
#> 8 6.03e-05 9.01e-05 1.18e-04 8.94e-05 1.32e-04 1.06e-04 1.07e-04 8.07e-05
#> 9 9.99e-05 1.10e-04 1.66e-04 1.83e-04 1.78e-04 1.76e-04 2.13e-04 1.46e-04
#> 10 8.21e-05 5.70e-05 6.02e-05 7.63e-05 8.58e-05 7.06e-05 8.91e-05 7.81e-05
#> year
#> age 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996
#> 1 9.94e-01 9.89e-01 9.92e-01 9.76e-01 9.66e-01 9.78e-01 9.39e-01 9.90e-01
#> 2 9.12e-01 8.92e-01 8.75e-01 8.34e-01 7.42e-01 6.82e-01 6.92e-01 8.84e-01
#> 3 6.41e-01 6.17e-01 6.19e-01 5.23e-01 3.25e-01 2.52e-01 1.60e-01 2.88e-01
#> 4 2.65e-01 1.90e-01 2.50e-01 2.97e-01 1.29e-01 1.18e-02 1.00e-02 6.91e-02
#> 5 1.09e-01 2.87e-02 6.77e-02 4.64e-02 2.52e-02 1.70e-02 1.37e-02 1.20e-02
#> 6 5.30e-03 5.89e-03 1.18e-02 2.29e-02 6.14e-03 5.19e-03 4.88e-03 6.04e-03
#> 7 4.31e-05 5.52e-05 3.24e-05 1.64e-05 3.39e-05 2.89e-05 3.39e-05 4.03e-05
#> 8 6.23e-05 1.07e-04 9.27e-05 6.92e-05 4.35e-05 7.51e-05 9.46e-05 8.50e-05
#> 9 2.15e-04 1.31e-04 1.55e-04 1.52e-04 1.35e-04 9.17e-05 2.00e-04 1.79e-04
#> 10 8.61e-05 1.19e-04 8.87e-05 7.17e-05 8.50e-05 9.16e-05 1.28e-04 1.00e-04
#> year
#> age 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004
#> 1 9.93e-01 9.98e-01 9.96e-01 9.75e-01 8.70e-01 9.96e-01 9.90e-01 9.98e-01
#> 2 9.22e-01 9.55e-01 9.60e-01 9.16e-01 9.05e-01 9.18e-01 9.21e-01 9.38e-01
#> 3 6.86e-01 7.20e-01 5.94e-01 5.56e-01 7.61e-01 5.65e-01 5.28e-01 5.18e-01
#> 4 1.18e-02 4.61e-01 5.37e-01 2.74e-01 5.67e-01 2.01e-01 2.69e-01 2.14e-01
#> 5 8.48e-03 1.29e-02 8.69e-03 4.53e-02 3.48e-01 6.02e-02 1.12e-01 7.67e-02
#> 6 5.78e-03 3.65e-03 4.14e-03 1.88e-02 1.31e-02 1.64e-02 2.02e-02 3.27e-02
#> 7 5.25e-05 8.77e-05 1.24e-04 8.13e-02 9.51e-03 1.65e-02 2.41e-01 7.99e-03
#> 8 9.92e-05 1.74e-04 1.90e-04 1.29e-01 1.24e-03 6.64e-04 8.45e-04 3.14e-04
#> 9 1.64e-04 2.52e-04 3.13e-04 5.24e-04 7.68e-04 6.29e-04 7.25e-04 1.08e-03
#> 10 1.14e-04 1.49e-04 1.55e-04 2.36e-04 2.11e-04 3.05e-04 5.68e-04 8.77e-04
#> year
#> age 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012
#> 1 9.70e-01 9.98e-01 9.82e-01 9.97e-01 9.90e-01 9.88e-01 9.97e-01 9.98e-01
#> 2 9.46e-01 9.18e-01 9.08e-01 9.51e-01 9.40e-01 9.01e-01 9.22e-01 9.81e-01
#> 3 6.10e-01 5.95e-01 6.35e-01 4.20e-01 5.27e-01 5.50e-01 5.80e-01 6.71e-01
#> 4 2.07e-01 2.22e-01 1.99e-01 1.06e-01 1.82e-01 2.46e-01 3.74e-01 3.47e-01
#> 5 1.82e-01 4.44e-02 7.26e-02 4.98e-02 7.46e-02 9.68e-02 2.01e-01 1.73e-01
#> 6 3.55e-01 3.03e-02 2.43e-01 4.26e-02 5.64e-02 1.21e-01 1.65e-01 4.61e-02
#> 7 4.64e-02 1.16e-01 5.80e-02 5.23e-01 3.91e-02 1.75e-01 2.11e-02 2.91e-02
#> 8 2.35e-03 7.83e-02 4.50e-01 4.75e-01 4.31e-01 1.32e-01 2.46e-01 2.20e-03
#> 9 2.17e-04 3.79e-04 8.27e-04 6.80e-04 8.51e-04 1.98e-04 3.96e-04 1.44e-04
#> 10 7.72e-04 3.55e-04 3.83e-04 5.34e-04 6.08e-04 3.94e-04 1.82e-04 2.60e-04
#> year
#> age 2013 2014 2015 2016 2017
#> 1 9.96e-01 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00 1.00e+00
#> 2 9.37e-01 9.73e-01 9.87e-01 9.72e-01 9.65e-01
#> 3 6.65e-01 7.41e-01 7.54e-01 7.73e-01 7.58e-01
#> 4 2.43e-01 4.15e-01 3.67e-01 3.63e-01 5.04e-01
#> 5 9.96e-02 2.68e-01 1.71e-01 2.57e-01 2.17e-01
#> 6 3.39e-02 1.06e-01 6.83e-02 1.58e-01 1.10e-01
#> 7 1.41e-02 3.56e-02 3.92e-02 9.75e-02 7.00e-02
#> 8 3.90e-03 7.98e-03 2.30e-02 1.94e-01 3.41e-02
#> 9 2.03e-04 2.02e-04 1.23e-04 9.41e-05 1.63e-04
#> 10 1.32e-04 1.45e-04 1.03e-04 9.75e-05 1.56e-04
#>
#> units:
# Total proportion of discards by year
discardsRatio(ple4, value="total")
#> An x of class "FLQuant"
#> , , unit = unique, season = all, area = unique
#>
#> year
#> age 1957 1958 1959 1960 1961 1962 1963 1964 1965 1966
#> all 0.0949 0.1648 0.2568 0.2476 0.2867 0.2849 0.2674 0.2468 0.3037 0.3940
#> year
#> age 1967 1968 1969 1970 1971 1972 1973 1974 1975 1976
#> all 0.3271 0.1922 0.1609 0.1818 0.1694 0.1268 0.1171 0.2710 0.4289 0.3054
#> year
#> age 1977 1978 1979 1980 1981 1982 1983 1984 1985 1986
#> all 0.3456 0.2795 0.3060 0.1844 0.1799 0.2430 0.3242 0.2873 0.2619 0.4032
#> year
#> age 1987 1988 1989 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996
#> all 0.4975 0.4667 0.3574 0.3040 0.3224 0.3005 0.2104 0.1656 0.1730 0.2891
#> year
#> age 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006
#> all 0.4555 0.5666 0.4296 0.3129 0.4802 0.3941 0.5146 0.4107 0.4631 0.4443
#> year
#> age 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016
#> all 0.4301 0.4305 0.4050 0.3752 0.3782 0.3759 0.3115 0.3816 0.3372 0.3417
#> year
#> age 2017
#> all 0.3216
#>
#> units: